ZOOM Lite

기술

ZOOM Lite는 차세대 시퀀싱 데이터 매핑 및 시각화 소프트웨어입니다. 사용자는 참조 게놈을 입력하고 Illumina/Solexa short reads 파일 또는 AB SOLiD 색 공간은 * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta 등과 같은 다양한 형식의 파일을 읽습니다. ZOOM은 이러한 짧은 파일의 매핑 결과를 출력합니다. 참조 시퀀스를 읽습니다. ZOOM Lite는 새로 설계된 다중 간격 시드 이론을 기반으로 한 빠르고 정확한 매핑 커널을 제공합니다. 15bp에서 240bp까지 다양한 길이의 단일 엔드 및 페어 드 엔드 읽기를 모두 처리 할 수 ​​있습니다. 참조 서열에서 판독과 대상 영역 사이에 여러 길이의 불일치 및 하나의 삽입/삭제가 허용됩니다. 각 읽기에 대한 고유하게 매핑 된 결과 또는 최상의 (상위 N) 결과는 최소 불일치 및 인델 길이에 따라보고됩니다. 품질 점수는 매핑 정확도를 높이는 데 사용됩니다. 매핑 커널을 기반으로 ZOOM Lite는 사용자가 로컬 읽기 데이터 및 참조 시퀀스 데이터를로드하고, 적절한 매개 변수를 선택하고, 최대 4 개의 CPU간에 대용량 데이터를 병렬로 처리하고, 실행중인 작업을 모니터링하고, 매핑 결과를 저장하고, 그래프를 볼 수 있도록합니다. 매핑 결과 및 출력 매핑 결과는 UCSC 브라우저 트랙 정보로 추가 측량을 위해 * .BED 또는 * .GFF 파일 형식으로 표시됩니다. 매핑 결과는 전체 염색체에 대한 판독 깊이 그래프에서 판독과 참조 서열 간의 상세한 서열 정렬에 이르기까지 원하는 척도로 볼 수 있습니다. 사용자는 클릭 및 드래그 또는 스크롤을 통해 관심 영역으로 쉽게 이동할 수 있습니다. ZOOM Lite는 ZOOM Studio 소프트웨어의 파생물입니다.